Alapjában véve minden tavi szűrő ugyanúgy működik: egy szivattyú segítségével beszívja a vizet, ami áthalad rajta, és kiszűri a szennyeződéseket. A műszaki jellemzőktől függően egyes szivattyúk a nagyobb darabok mellett akár a legapróbb, mikroszkopikus méretű szennyeződéseket is képesek kiszűrni a vízből. Ezenkívül a szűrő anyagát benépesítő mikroorganizmusok lebontják az ammóniát és a nitritet. A folyamat során csak a halak szempontjából ártalmatlan nitrát keletkezik, amire a növények növekedéséhez egyébként is szükség van. Azzal, hogy a szivattyú átáramoltatja a vizet a szűrőn, megforgatja a vízrétegeket is, és a víz folyamatos mozgása hozzájárul a tó természetes anyagcsere-folyamatainak fenntartásához.

Nagy általánosságban nyomás-, illetve gravitációs szűrőket, továbbá vízbe merülő belső, illetve külső szűrőket különböztethetünk meg. A homokszűrő, a habszivacs-szűrő, a különféle szűrőbetétek és a szűrőgyapjú-betét a leggyakrabban használt mechanikai szűrőközegek. Rendszeres tisztítást, és bizonyos idő elteltével cserét is igényelnek. A biológiai szűrőközegek közé tartoznak például az olyan speciális szűrőfelületek, mint a szűrővatta vagy a porózus kavics. Az ásványi zeolit ugyancsak alkalmas a kerti tó vizének szűrésére.

Ugyanakkor nem minden szűrő használható egyformán jól minden kerti tóhoz. Általános szabály, hogy a szűrőt és a hozzá tartozó szivattyút úgy kell megválasztanunk, hogy teljesítménye megfeleljen a tó méretének és a benne élő halak létszámának. A legjobb, ha ehhez tanácsot a helyi kisállat-kereskedésben kérünk. De bármilyen szűrő mellett döntsünk is, a megbízható működés érdekében rendszeresen tisztítanunk kell.

A vélemények eltérnek abban a tekintetben, hogy át kell-e ennél jobban levegőztetni a kerti tó vizét. A kisebb medencék esetében általában elegendő, ha a vizet átkeringetjük a szűrőn. Vannak azonban olyan halfajták – például a fenékjáró küllő és a tokfélék –, amelyek erőteljesebb vízáramlást, és ezzel összefüggésben nagyobb oxigenizációs teljesítményt igényelnek. A koi is jól érzi magát az áramló vízben. Ha tehát ilyen fajtákkal rendelkezünk, a kellő vízáramlás biztosítása érdekében érdemes lehet megfontolni egy áramoltató szivattyú beszerzését.